По мнению авторов проекта Стратегии социально-экономического развития Калининградской области на средне- и долгосрочную перспективу, отмена переходного периода будет иметь ещё более серьёзные последствия, чем экономический кризис 2009 года. «В кризисный период работу прекратило лишь несколько предприятий региона, а при полной потере конкурентного преимущества в виде свободной таможенной зоны в 2016 году их пострадает гораздо больше», — отмечается в стратегии.
Так, по оценке регионального правительства, в 2016 году в Калининградской области закроется более 500 предприятий — субъектов малого и среднего бизнеса (без учёта микропредприятий, индивидуальных предпринимателей и организаций, работающих в смежных отраслях). Это приведёт к увольнению более 50 тысяч человек (около 10% экономически активного населения региона).
Стоит отметить, что закрытие предприятий прогнозируется в таких отраслях, как пищевая промышленность, производство табачных изделий, текстильное производство, издательская и полиграфическая деятельность. Кроме того, пострадают предприятия, работающие в производстве электрооборудования, транспортных средств и мебели.
На основе этих прогнозов авторы стратегии делают соответствующие выводы: в связи с ростом безработицы в регионе обострится социальная напряжённость, кроме того, к области потеряют доверие инвесторы. Это, по мнению составителей документа, «дестабилизирует инвестиционный климат» в целом в РФ.