Такой запрет был введен в 1996 году и позволял использовать перечисленные слова, а также слово "федеральный" только в соответствии с актами президента и правительства РФ.
Постановление 1996 года было принято в связи с тем, что практически неразличимые названия негосударственных организаций и государственных органов вводили граждан в заблуждение.
Но в Минюсте РФ предлагают разрешить использовать слова "Россия", "Российская Федерация" в названии только самым достойным некоммерческим организациям, остальным же понадобится разрешение правительства. Что касается политических партий, общественных объединений с общероссийским статусом и религиозных организаций, то им подобное разрешение не понадобится.